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Les habitats naturels correspondent au niveau le plus intégrateur de la biodiversité. La présence d’un habitat naturel, précisément décrit et cartographié renseigne sur les paramètres physico-chimiques de l’écosystème, sur les espèces végétales et de faune pouvant s’y trouver, sur la fonctionnalité écologique, etc.
Deux axes prioritaires d’action ont été retenus en région :
- la cartographie des habitats naturels, notamment au sein des ZNIEFF de type I, dans les documents d’objectifs (DOCOB) Natura 2000, et via le programme CarHAB (Cartographie nationale des habitats terrestres) ;
- la description au plan phytosociologique de toutes les associations végétales de la région. La synthèse qui en résulte se nomme « synsystème ».